Tudo começa quando o Professor Xavier e Jean Grey têm um forte ataque psíquico, que causa uma explosão,
fazendo com que a Mansão X seja destruída e Jean desapareça. Wolverine reúne os heróis e assume a
liderança destes. Quem dá as instruções a Wolverine é o próprio Xavier,que está num coma que durará 20
anos.Ele consegue manter contato do futuro com os X-Men, os orientando sobre os acontecimentos que
levarão o mundo à destruição (Charles viu um mundo dominado por robôs, com humanos e mutantes
derrotados, sem vencedores).
Enquanto isso, Magneto recruta novos membros para sua Irmandade de Mutantes: Dominó, Blob, Avalanche e
Mercúrio. Pressionada pelos membros da Irmandade, em particular Dominó, Vampira também passa a fazer
parte da mesma. Mais tarde, sai por conta própria e se junta novamente aos X-Men. O grupo sequestra o
Senador Robert Kelly, e isso faz com que os humanos odeiem ainda mais os mutantes, os fazendo produzir
robôs especiais para os exterminarem: os Sentinelas. Começa então a travar-se uma verdadeira guerra
entre os homo sapiens e os homo superior.
A primeira temporada gira em torno dos esforços dos X-Men em evitar que o mundo seja destruído pelos
Sentinelas e o Molde-Mestre.
Nos últimos episódios da primeira temporada, Ciclope descobre a seguinte verdade:A explosão ocorrida na
mansão foi gerada por Jean (possuída por uma entidade psíquica chamada Fênix),que teve o ataque
psíquico gerado por Emma Frost e as sacerdotisas da entidade(como pode ser visto pelas vestes),as
Gêmeas Stepford. Em uma tentativa liberar a Fênix,as sacerdotisas absorvem a entidade de Jean Grey e se
tornam as novas anfitriãs.Finalmente, os X-Men conseguem evitar a catástrofe que seria causada pelas
Sentinelas e mudam o futuro. Também conseguem deter a Fênix que foi "hóspede" das Stepford, graças ao
sacrifício de Emma Frost, que se colocou a frente do casal(Jean Grey e Scott Summers) em forma de
diamante para salvar a vida de Ciclope e Jean, o que resultou em sua morte. Charles então, aparece num
novo futuro, que não está destruído, mas está dominado pelo Apocalypse. Inicia-se então outra missão
para os X-Men.
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